熱があると、節々が痛くなり肩こり、腰痛などが強くなります。
また、寝起きなどは痛みですぐに体が動かない時も珍しくありません。
この様に日頃よりも強く痛みを感じるタイミングがあります。
この現象が起きる原因ですが、筋肉のこわばりが考えられます。
では病気の時や起床時に何故筋肉がこわばってしまうのかというと、筋肉が休んでいる状態、つまり硬くなっているのです。（筋肉は休むと柔らかくなるのではなく、固くなるのです）
起床時は当然筋肉は休んでいますし、病気の際は、体は治療に専念し、筋肉を動かそうと準備をしていない、つまり完全に筋肉のおやすみモードになっているのです。
さらに、病気で体が敏感になってしまっているために余計に痛みを大きく感じてしまうのです。（これは痛みを抑制する力が弱くなっていると考えます）
結論は『仕方がない』になるのですが、痛みが出るということは、痛みの原因があるということですので、原因が改善されれば、痛みの強さも少しでも柔らかくなる可能性はあると考えます。
ですので、諦めずに姿勢、運動、整体で改善をはかってください。